La práctica más importante en el manejo de los cultivos de cacao nacional, debe ser no destruir bosques nativos.
Queda un porcentaje bajo en México de bosques originales y su destrucción es cada vez mayor. El bosque es el hogar de la mayoría de la biodiversidad existente en México. Entonces, si se pretende protegerla con buenas prácticas, no es oportuno seguir reemplazando lo poco que queda con cultivos.
En el país existen muchos lugares, que en otra época fueron fértiles bosques y ahora son sitios pobres, deteriorados y agonizantes. Es importante pensar en recuperar estos espacios con alternativas productivas, que reparen este daño. Este es el caso del cultivo de cacao nacional, porque puede ser propicio para mejorar: pastizales improductivos o monocultivos que se han vuelto costosos y problemáticos.
Los bosques intervenidos hace por lo menos 20 años, pueden ser usados para el cultivo de cacao nacional, en bajas densidades y dando prioridad a la incorporación de las especies nativas maderables.
Los bosques intervenidos recientemente deben ser recuperados, esto implica la siembra exclusiva de especies nativas, las mismas que fueron extraídas. Este manejo, combinado con el cultivo de cacao con prácticas amigables, incrementará el potencial de mantenimiento de biodiversidad y generará recursos como: madera, productos no maderables, cacao y frutas tropicales para el consumo.
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